Der eigentliche Betrieb des Waldkindergartens startete mit viel Engagement der Eltern und Fachkräfte am 01. März 2000 mit zunächst nur fünf Kindern im Handschuhsheimer Mühltal.
Im Jahr 2003 nahm die Stadt Heidelberg den Kindergarten in ihre Bedarfsplanung auf und unterstützt ihn seither auch finanziell. Die Gruppe war Ende des Jahres dann mit 20 Kindern voll besetzt und die Warteliste war sehr lang.
So startete im Herbst des Jahres 2005 die zweite Gruppe, ebenfalls im Mühltal.
Da der Bedarf stetig zunahm und auch die Nachfrage nach einer Ganztagesbetreuung sehr groß war, eröffnete dann im Herbst 2007 die dritte Kindergartengruppe in den Gärten über Handschuhsheim, in der die kleinen Klienten dann auch ganztägig betreut werden konnten.
Seit September 2010 gibt es eine vierte Gruppe, die ebenfalls im Mühltal gelegen ist und ganztägige Betreuung anbietet. So ist die Zahl der Kinder insgesamt auf stolze 80 angestiegen, die sich auf die vier Gruppen verteilen.